木马终结者的使用十分简单，其主要功能就是扫描端口。一启动程序就会自动开始扫描端口，当然在扫描的过程中请不要运行其他网络程序，如IE，ICQ等，因为这些程序也使用端口，但木马终结者并不能分辩出这些是程序使用的端口还是黑客病毒使用的端口,当扫描到被使用的端口及其类型后将在列表中列出，并且出现提示音，提示音可以自己设置，详细方法看后面。

　　如果大家不是很熟悉联网软件的端口使用情况的话，在扫描端口中切记一定要关闭所有正常软件，等着木马终结者扫描各个端口，这个时候，只要是木马终结者觉得异常的端口就一定是木马软件所使用的了，到时候就直接关闭该端口即可！尽管木马软件的服务端并未真正从计算机上删除，但是关闭了端口，木马服务端再也不能和客户端联系，也就失去了其往日的威风了！