在安装Win 2000之前，必须先决定选择哪一种文件系统。文件系统选择不当，将导致Win 2000在运行的过程中无法实现最优化。

　　NTFS文件系统是Win 2000所推荐使用的文件系统。NTFS具有FAT文件系统的所有基本功能，并且具有FAT或FAT32所没有的优点：文件的安全性更高、磁盘压缩性能更好和支持的硬盘容量更大。NTFS支持最大达2TB的大硬盘，比FAT大得多，而且随着磁盘容量的增加，NTFS的性能不像FAT那样随之降低（下表是各种文件系统硬盘分区与簇大小关系表）。因此，如果只安装Win 2000，建议在安装过程中将现有的分区转换为NTFS，或者在安装后通过Convert.exe程序将文件系统从FAT转换为NTFS。