WinLinux 2000更新速度慢：和其他Linux发行版本相比，WinLinux 2000由于自身的原因，它所采用的XFree86 4.x，内核 kernel 2.4.0 ，KDE等重要模块都显得跟不上时代，这也是Linux高手们对WinLinux 2000不屑一顾的原因了。

对硬件的支持不如其他Linux版本。WinLinux 2000对硬件的支持是有限的，毕竟WinLinux 2000采用的模块不如其他的Linux版本新。

不支持NT系统。这也是WinLinux 2000令人遗憾的原因之一，很多系统管理员不得不再Windows NT和Linux之间选择一个操作系统来安装。

资源占用过多：WinLinux 2000可以说是运行在Windows系统中的一个软件。所以WinLinux 2000运行时需要消耗的硬件资源相对就要大得多。这似乎和Linux对硬件需求小的原则有些冲突。

安装系数不高：前面已经说过了，WinLinux 2000最大的危险就是怕被人破解了密码和用户名。这无疑是WinLinux 2000最致命的弱点。